Zápaly delíme z rôznych hľadísk: podľa priebehu trvania na zápal akútny a chronický. Podľa spôsobu odpovedi organizmu na pôsobenie patogénov zápaly delíme na nešpecifické a špecifické. Ďalej môžeme rozdeliť zápaly na aseptické, ktoré sú vyvolané pôsobením chemických a fyzikálnych vplyvov, a na septické, vyvolané živými mikroorganizmami.
SINUSITÍDA
Zápalové zmeny, ktoré postihujú prinosové dutiny označujeme ako sinusitída. Zápalové lézie sa môžu vyskytovať v jednej z prinosových dutín alebo môžu postihovať viac dutín naraz, či poškodzovať celý systém prinosových dutín. Prinosové dutiny bývajú zápalovými zmenami poškodené najmä pri zápaloch dýchacích ciest alebo pri zápale zubného lôžka. Hlavnou príčinou ochorenia dýchacích ciest sú mnohé exogénne faktory, ako napr.: znečistenie vzduchu organickým alebo anorganickými plynmi či alergénmi. No svoj podiel na vznik a rozvoj chronického zápalu prinosových dutín majú aj posttraumatické zmeny, či deviácia nosového septa.

Špecifické zápalové ochorenia
Špecifický zápal je spôsobený vždy len jedným druhom organizmu, pre ktorý je imunitná odpoveď organizmu špecifická. Imunitná reakcia organizmu nereaguje len na agens, ktorý zápal spôsobil, ale aj na postihnuté bunky, a to tým, že vyvoláva ich nekrózu. K špecifickým zápalom kostí zaraďujeme napr.: tuberkulózu, syfilis či lepru.
SYFILIS
Syfilis je chronická infekčná choroba, ktorej pôvodcom je Treponema pallidum. Treponema pallidum je patogénny parazit, ktorý prežíva len za anaerobných podmienok. Voči vonkajším vplyvom je tento mikroorganizmus málo odolný a môže ho zničiť aj kyslík vo vzduchu. Syphilis acquisita môže na kostrových pozostatkoch postihovať lebku ako aj postkraniálny skelet. Pre syfilis sú typické mnohopočetné ložiská, najčastejšie lokalizované na lýtkovej kosti, potom na kostiach tvoriacich klenbu lebky, na hrudnej kosti, kľúčnej kosti, na stavcoch, ale aj na stehnovej kosti a kostiach hornej končatiny. Syfilitická infekcia spôsobuje na kostiach zmeny v podobe chronickej periostitídy a osteomyelitídy alebo sú prítomné až známky špecifickej nekrózy v podobe syfilitického gummatu. Kosti sú v mieste postihnutia zhrubnuté a povrch je hrboľatý s množstvom malých perforácií. Nápadným znakom syfilisu je aj výrazná kostná novotvorba v podobe pemzovitej spongiózy v dreňovej dutine, ktorá môže byť týmto procesom výrazne zúžená.
TUBERKULÓZA
Tuberkulóza (TBC) je závažné infekčné ochorenie, ktoré okrem človeka postihuje aj iné živočíšne druhy. Najčastejšie postihuje pľúca, črevá a lymfatický systém. Pôvodcom tohto ochorenia je Mycobacterium tuberculosis, ktorá je veľmi odolná voči vplyvom vonkajšieho prostredia. Najčastejšie postihnuté bývajú stavce, rebrá alebo hrudná kosť. Pri tuberkulóze je pozorovaná deštrukcia a zároveň novotvorba kostného tkaniva, pričom deštrukcia vždy prevažuje nad novotvorbou. Je to znak, ktorý je dôležitým kritériom na odlíšenie TBC od iného infekčného ochorenia. Tuberkulóza sa na dlhých kostiach primárne prejavuje ako osteoperiostitída alebo akútna osteomyelitída. Druhou najčastejšie postihnutou oblasťou na dlhých kostiach je proximálny koniec lakťovej kosti. Zápalové zmeny sa na rebrách objavia ako dôsledok pľúcnej formy tuberkulózy. Vo väčšine prípadov sa zmeny prejavia ako chronická periostitída alebo vo forme tenkých plátkov novovytvorenej kosti.
Nešpecifické zápalové ochorenia
Nešpecifický zápal kosti – osteomyelitída – predstavuje v paleopatológii významný indikátor infekčných procesov v minulých populáciách. Ide o reakciu kostného tkaniva na bakteriálnu infekciu, ktorá neumožňuje presnú identifikáciu pôvodcu ochorenia, keďže mäkké tkanivá sa nezachovali. V kostrovom materiáli sa osteomyelitída prejavuje najmä tvorbou nového, často nepravidelného kostného tkaniva (involukrum), prítomnosťou deštrukcií kosti, sekvestrov a niekedy aj drenážnych kanálikov (cloacae). Tieto zmeny vznikajú ako dôsledok dlhodobého zápalu, ktorý mohol byť spôsobený poranením, otvorenou zlomeninou alebo hematogénnym šírením infekcie. V paleopatologickom kontexte je dôležité rozlišovať akútnu a chronickú formu, pričom v archeologických nálezoch sa častejšie identifikujú chronické štádiá pre dlhšie trvanie ochorenia. Štúdium nespecifickej osteomyelitídy poskytuje cenné informácie o zdravotnom stave, životných podmienkach, hygiene a schopnosti populácií prežiť dlhodobé infekčné ochorenia v minulosti.
Reumatoidná artritída v kontexte paleopatológie predstavuje chronické zápalové autoimunitné ochorenie postihujúce predovšetkým synoviálne kĺby. V archeologickom kostrovom materiáli je jej identifikácia problematická, keďže ochorenie primárne postihuje mäkké tkanivá a kostné zmeny sa objavujú až v pokročilých štádiách. Typickými paleopatologickými znakmi sú symetrické erózie kĺbových plôch, najmä na malých kĺboch rúk a nôh, zúženie kĺbovej štrbiny, deštrukcia subchondrálnej kosti a absencia výraznej novotvorby kosti. Na rozdiel od degeneratívnych ochorení kĺbov sa pri reumatoidnej artritíde nevyskytujú osteofyty. Prítomnosť týchto zmien môže naznačovať dlhodobé chronické ochorenie sprevádzané bolesťou, deformitami a zníženou pohyblivosťou. V paleopatológii má štúdium reumatoidnej artritídy význam pre rekonštrukciu kvality života, fyzickej záťaže a sociálnej starostlivosti v minulých populáciách, keďže jedinci s týmto ochorením boli často odkázaní na pomoc okolia.